《台湾史》的资料丰富、翔实是一大特色,参考和使用的史料近400余种。有清朝上谕档、宫中档、军机档、剿捕档等档案;《郑氏史料》、明朝历代实录、清世代实录、沈有容的《闽海赠言》、沈葆桢的《福建台湾奏折》、罗大春的《台湾海防开山日记》和《中法战争汇编》、《刘铭传抚台前后档案》、福康安的廷寄等史料;丁日昌的《抚台奏稿》、李鸿章的《李文忠公选集》、张芝洞的《张文襄公选集》、阮亨的《赢州笔谈》等史书。《台湾史》参考和使用的日文资料有近80种,日本殖民当局总督府的档案和文件,以及日本学者的书籍。《台湾史》参考和使用的西方史料有近50种,其中有荷兰和西班牙文的 原件、当事人的回忆、殖民当局的文件往来和统计。《台湾史》参考的中文专著近250种,如施琅的《靖海纪事》、姚莹的《东槎纪略》、王炳耀的《甲午战争专辑》、王国?的《台湾抗日史》、丘逢甲的《岭云海日楼诗抄》、江丙坤的《台湾田赋改革事业之研究》、周宪文的《日据时代台湾经济史》、李登辉的《台湾家工部门间之资本流通》、史明的《台湾人四百年史》等书,有日本文专著近80种、英文专著40余种,涉及台湾史的不少重要著作都有引述。《台湾史》每一章后面的注释更为完整,以第一章《中国与台澎之早期关系》为例,正文2900字,注释多达近2000字。
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